Επίθεση στο ΣτΕ για την απόφασή του να κρίνει αντισυνταγματικές τις αλλαγές στο μάθημα των Θρησκευτικών εξαπέλυσε ο τέως υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης. Μιλώντας στο Κανάλι της Βουλής, χαρακτήρισε την απόφαση «σκοταδισμό και μεσαιωνικό αναχρονισμό», υποστηρίζοντας ότι το Συμβούλιο της Επικρατείας δογματίζει με αυτή την απόφαση.

«Ένα τμήμα του ΣτΕ συμπεριφέρεται σαν εφεδρεία του παλαιού συστήματος» τόνισε. Ο ίδιος είπε ακόμα ότι δεν υπάρχει θέμα σύγκρουσης με την ηγεσία της Εκκλησίας, παρόλο που η Εκκλησία διαφωνεί με σε διάφορα θέματα.

Σημείωσε επίσης ότι «το Σύνταγμα λέει ότι το σχολείο πρέπει να στηρίζει τη θρησκευτική συνείδηση και αυτό κάνει το σχολείο με το μάθημα των Θρησκευτικών από τη Δ' Δημοτικού έως την Γ' Λυκείου. Δεν υπάρχει καμία συνταγματική επιταγή όμως για ομολογιακό μάθημα. Το σύνταγμα δεν λέει ότι αυτό το μάθημα θα πρέπει να είναι ομολογιακό, δηλαδή να γίνεται κατήχηση» πρόσθεσε.

Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.λπ. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».

Το θέμα προκάλεσε την αντίδραση του υπουργείου Παιδείας, το οποίο είπε ότι γυρνά την κοινωνία «πολλά χρόνια πίσω, καθώς ταυτίζεται και συντάσσεται με απόψεις ακραίων και σκοταδιστικών θεολογικών κύκλων». Το υπουργείο αφήνει αιχμές για τις «επιλεκτικές διαρροές», από τις οποίες έμαθε την απόφαση και τονίζει ότι θα τοποθετηθεί εκ νέου για το θέμα όταν κοινοποιηθεί η απόφαση. Αν και, όπως υποστηρίζει, σέβεται τις δικαστικές αποφάσεις, ωστόσο δεν παραλείπει να σχολιάσει ότι και αυτές κρίνονται ως προς τα αποτελέσματά τους και ως προς το σκεπτικό τους.