Δυσώδες είναι το παρασκήνιο που έρχεται σταδιακά στο φως από την έρευνα που είναι ακόμα σε εξέλιξη στην Aegean Marine Petroleum, η οποία ιδρύθηκε και μέχρι πριν από λίγα χρόνια ελεγχόταν πλειοψηφικά από τον Δημήτρη Μελισσανίδη, καθώς εκτός από την οικονομική και διοικητική πτυχή της υπόθεσης, για τις οποίες δεν έχουν απαγγελθεί ακόμα κατηγορίες, υπάρχει και μία ακόμα πτυχή. Η εν λόγω πτυχή προσομοιάζει περισσότερο σε πρακτικές υποκόσμου και οι περισσότεροι έχουν συνηθίσει να τις βλέπουν σε ταινίες με τους πρωταγωνιστές να ενσαρκώνουν ρόλους γκάνγκστερ.

Στο πλέγμα των «σκοτεινών» αυτών πρακτικών, όπως προκύπτει από την ανακοίνωση της διοίκησης της Aegean Marine Petroleum, εντάσσονται οι απειλές για οικονομικά αντίποινα, η σωματική βία, η απόπειρα hacking για διαγραφή ηλεκτρονικών αρχείων, οι απειλές σε νυν στελέχη της εταιρείας, η παραποίηση οικονομικών στοιχείων, ακόμα και η πλαστογραφία. Εκείνο μάλιστα που έχει προκαλέσει μεγάλη εντύπωση και πολλά ερωτήματα είναι ότι γίνεται αναφορά για «πλάτες» κυβερνητικές αρχές, όλα με στόχο να μην προχωρήσει η έρευνα.

Συγκεκριμένα, όπως αναφέρει χαρακτηριστικά η ανακοίνωση της Aegean «η πρώην διοίκηση άσκησε σημαντικό έλεγχο στο προσωπικό και τα περιουσιακά στοιχεία της εταιρείας μέσω διαφόρων ακατάλληλων μέσων, συμπεριλαμβανομένων των απειλών οικονομικών αντιποίνων και σωματικής βίας. Επιπλέον, η πρώην διοίκηση συνεχίζει να έχει πρόσβαση και να ελέγχει τα ηλεκτρονικά και φυσικά αρχεία της Εταιρείας».

Παράλληλα, επισημαίνεται ότι η προσπάθεια της διοίκησης να έχει πρόσβαση σε σχετικά μηνύματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου και άλλα ψηφιακά στοιχεία, που είναι αποθηκευμένα στον διακομιστή της εταιρείας, εξακολουθεί να παρεμποδίζεται, μέσω προσωπικών απειλών εναντίον στελεχών της διοίκησης, ενώ έχει καταγραφεί και τουλάχιστον μία απόπειρα μόνιμης διαγραφής αρχείων, μέσω της απομακρυσμένης εγκατάστασης σχετικού λογισμικού, από άνθρωπο που είχε δικαιώματα διαχειριστή.