Στo επικέντρο της έρευνας των ανακριτών διαφθοράς που χειρίζονται την υπόθεση του Γιάννου Παπαντωνίου και της συζύγου του, Σταυρούλας Κουράκου, βρίσκεται η αναζήτηση των "ιχνών" του βρόμικου χρήματος μέσω αιτημάτων δικαστικής συνδρομής που έχουν στείλει σε πέντε χώρες ( Γαλλία, Η.Π.Α., Κύπρο, Βέλγιο και Ολλανδία (όπου έχει την έδρα της η Thales)).

Οι ανακριτές διαφθοράς έχουν εστιάσει το ενδιαφέρον τους κυρίως στη περίπτωση της Γαλλίας καθώς ο πρώην υπουργός είναι και υπήκοος της ευρωπαϊκής χώρας καθώς γεννήθηκε στο Παρίσι και διαθέτει και τραπεζικούς λογαριασμούς. Σύμφωνα με πληροφορίες, ο πρώην υπουργός φέρεται ότι έχει προβάλλει και εκεί αντιρρήσεις για το άνοιγμα τους.Ήδη, οι ανακριτικές αρχές βοηθήθηκαν ιδιαίτερα από τα στοιχεία που τους δόθηκαν για τη ροή του κατά το κατηγορητήριο "μαύρου" χρήματος από την κυπριακή ΜΟΚΑΣ (αρχή για το ξέπλυμα).Οι κυπριακές αρχές με τα στοιχεία που απέστειλαν στους ανακριτές διαφθοράς τους βοήθησαν να ξετυλίξουν το "κουβάρι" των λογαριασμών των off-shore του αείμνηστου Χ.Μπεκατώρου ( του αντιπροσώπου της Thales στην Ελλάδα).

Επιπλέον, σύμφωνα με πληροφορίες, πολύτιμα στοιχεία ήρθαν στα χέρια των αρχών από την εσωτερική αλληλογραφία μεταξύ των υπαλλήλων της Ελβετικής τράπεζας και του επιχειρηματία-ο οποίος διακίνησε τα 2,8- η οποία χτυπούσε το καμπανάκι του κινδύνου, καθώς σύμφωνα με τις Ελβετικές αρχές τα ποσά που διακινήθηκαν ήταν πολύ μεγάλα. Πλέον, αναμένουν την απάντηση της Βουλής στο αίτημα τους για το αν θα ανοίξει ο δρόμος για την άσκηση ποινικής δίωξης στο πρόσωπο του πρώην υπουργού και για το αδίκημα της παθητικής δωροδοκίας ενώ επιδιώκουν και να εξετάσουν από κοντά τον πρώην πρόεδρο της Thales, Μισέλ Ζοσεράν ο οποίος είχε κάνει λόγο από το 2006 σε κατάθεση του για «παρανομες πληρωμές στον υπουργό αμυνας για τις φρεγάτες».


Ωστόσο, σύμφωνα με πληροφορίες, αυτό που βάρυνε στην απόφαση τους για την προφυλάκιση του Γιάννου Παπαντωνίου και της συζύγου του πέρα από την ανυπαρξία στοιχείων για τον τρόπο απόκτησης των χρημάτων που βρέθηκαν στους λογαριασμούς του Γιάννου, και την απολογία του επιχειρηματία που φέρεται να «έδωσε» τον πρώην υπουργό και στο ότι το ζευγάρι είχε αρχίσει να εκποιεί περιουσιακά του στοιχεία, είναι πως στη δικογραφία φέρονται να υπάρχουν έγγραφα που αποδεικνύουν ότι ο πρώην υπουργός και η σύζυγος του επιχείρησαν να μπλοκάρουν το άνοιγμα των τραπεζικών λογαριασμών τους στην Ελβετία.

Οι ίδιες πληροφορίες αναφέρουν πως τον Νοέμβριο του 2017 το ζευγάρα εμφανίστηκε οικειοθελώς ενώπιον των ανακριτών και παρουσία δικηγόρου φέρεται να υπέγραψε συναίνεση στην άρση του τραπεζικού το απορρήτου για δύο λογαριασμούς κι έναν ασφαλιστήριο συμβόλαιο.Η συναίνεση εστάλη στην Ομοσπονδιακή Εισαγγελία της Βέρνης. Τότε το ζευγάρι φέρεται να δήλωσε στους ανακριτές ότι αυτοί ήταν και οι μόνοι του λογαριασμοί στην Ελβετία. Ωστόσο, οι ελληνικές αρχές ενημερώθηκαν αργότερα, ότι η Σταυρούλα Κουράκου μέσω Ελβετού δικηγόρου, υποστήριξε ενώπιον των ελβετικών αρχών ότι δεν παρείχαν την συναίνεση τους στους ανακριτές, καθώς παραπλανήθηκαν βάζοντας την υπογραφή τους χωρίς την παρουσία δικηγόρου.