Αντισυνταγματική κρίθηκε από το Συμβούλιο της Επικρατείας η από 7.9.2016 απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας Νίκου Φίλη με την οποία άλλαξε ο τρόπος διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στις τάξεις Γ' έως ΣΤ' του Δημοτικού και του Γυμνάσιου.

Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.λπ. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».

Το θέμα προκάλεσε την αντίδραση του υπουργείου Παιδείας, το οποίο είπε ότι γυρνά την κοινωνία «πολλά χρόνια πίσω, καθώς ταυτίζεται και συντάσσεται με απόψεις ακραίων και σκοταδιστικών θεολογικών κύκλων». Το υπουργείο αφήνει αιχμές για τις  «επιλεκτικές διαρροές», από τις οποίες έμαθε την απόφαση και τονίζει ότι θα τοποθετηθεί εκ νέου για το θέμα όταν κοινοποιηθεί η απόφαση.

Αν και, όπως υποστηρίζει, σέβεται τις δικαστικές αποφάσεις, ωστόσο δεν παραλείπει να σχολιάσει ότι και αυτές κρίνονται ως προς τα αποτελέσματά τους και ως προς το σκεπτικό τους.

Το δικαστήριο έκρινε αντισυνταγματικές τις αλλαγές στη διδασκαλία των Θρησκευτικών και πως προσβάλλουν το πρωτόκολλο των δικαιωμάτων του ανθρώπου, είπε στα Παραπολιτικά 90,1 FM ο Κωνσταντίνος Σπαλιώρας, πρώην πρόεδρος της Πανελλήνιας Ένωσης Θεολόγων.

Είπε πως τα παιδιά πρέπει να μαθαίνουν τη δική τους θρησκεία και στη συνέχεια να μάθουν τις άλλες θρησκείες. Ο ίδιος υποστήριξε ότι η συχνή χρήση της ελευθερίας έχει δημιουργήσει στην εποχή μας μας τις πιο δύσκολες μορφές απολυταρχίας και ολοκληρωτισμού.